توزیع مواد مرجع معتبر به آزمایشگاههای اندازه گیری ابزاری برای اعتبارسنجی روشها و ارزیابی صحت نتایج اندازه گیری آنها می دهد. تجزیه و تحلیل خواص تغذیه ای (چربی کل ، پروتئین ، خاکستر ، و غیره) از اهمیت بالایی برای برچسب زنی مواد غذایی و تجارت بین المللی کالاها برخوردار است. برای پوشش این مقاصد مواد مرجع مانند پودر شیر ، آرد و گوشت که مواد مغذی آنها (پروتئین ، چربی و غیره) گواهی شده اند حائز اهمیت است. همچنین مواد مرجع معتبر ماتریسی برای تجزیه و تحلیل ریز مغذی ها در رژیم غذایی (ویتامینهای محلول در چربی و آب ، فیبرهای غذایی و عناصر کمیاب) در این رابطه مورد استفاده قرار می گیرد.
در حوزه آلاینده ها، سموم طبیعی و باقیمانده موجود در زنجیره غذایی نقش مواد مرجع برای کالیبراسیون (موادی با خلوص بسیار بالا) و اعتبارسنجی روش (مواد ماتریسی) در شناسایی و یافتن منبع آلودگی بسیار حائز اهمیت است. از جمله مواد مرجع در این رابطه می توان به بی-فنیلهای پلی کلره ، دیوکسین ها و سایر آلاینده های ارگانیک، ترکیبات مایکوتوکسین / ماتریس مثل آفلاتوکسین M1 در پودر شیر، آفلاتوکسین B و G در محصولات بادام زمینی ، دئوکسی نیوالنول در آرد ، اوکراتوکسین A در گندم و زئارآلونون در ذرت اشاره کرد.
در زمینه نظارت بر کنترل باقیمانده داروهای دامپزشکی در مواد غذایی و هورمون های مورد استفاده در دامپزشکی می توان به مواد مرجع تأیید شده برای کلنبوترول و سالبوتامول در ادرار و کبد گاو ، دی اتیل استیل بوسترول ، دینوسترول و هگزوسترول در ادرار گاو اشاره کرد.